« Winter is coming » : ce que l’on a appris en une semaine sur le variant Omicron

A peine signalé et déjà retrouvé dans le Monde entier ! Le variant Omicron est probablement plus contagieux que le variant Delta et est responsable de réinfections. Les données sur le niveau de protection vaccinale et sa dangerosité restent encore succintes.

Une semaine seulement après la révélation de son existence, le variant Omicron, fortement muté et dont les scientifiques craignent qu’il soit plus contagieux, est déjà de loin la forme dominante des infections à SARS-CoV-2 en Afrique du Sud où il se propagerait rapidement. Ce variant Omicron a été détecté dans 25 pays et sur six continents, où dans certains cas il aurait déjà été présent en novembre (analyse rétrospective des tests PCR).

Les premières données suggèrent que le variant Omicron « pourrait avoir un avantage de croissance substantiel par rapport au variant Delta », a indiqué jeudi l’European Center for Disease Prevention and Control (ECDC). Les experts européens ont déclaré que ce nouveau variant pourrait être la forme dominante en Europe d'ici quelques mois et qu'il sera bientôt présent partout sur la planète.

Cela pourrait signifier qu’après 2 années de lutte contre la pandémie, le Monde se dirigerait vers une nouvelle vague cet hiver.

4^ème vague en Afrique du sud avec le variant Omicron

L'Afrique du Sud, pourtant au début de l’été, est entrée dans une quatrième vague d'épidémie Covid-19, essentiellement liée à ce nouveau variant Omicron. Les infections avec le variant Omicron ont désormais été détectées dans sept des neuf provinces du pays. À ce stade, le système hospitalier sud-africain ne serait cependant pas menacé, a déclaré ce vendredi le ministre de la Santé, Joe Phaalha lors d'un point de presse.

Un pic d'infections chez les enfants a été signalé par les autorités de santé sud-africaines, sans pouvoir dire si le variant Omicron les touchait plus spécifiquement. A l'hôpital, une augmentation assez forte des cas de Covid se fait logiquement ressentir dans toutes les tranches d'âges, mais en particulier chez moins de 5 ans. Elles concernent essentiellement les personnes non-vaccinées.

Un variant Omicron qui contourne l’immunité acquise

Le risque de se réinfecter avec le SARS-CoV-2 serait nettement accru avec le variant Omicron, selon une étude sud-africaine, réalisée en novembre 2021. Cette étude montre que ce variant serait plus à même de contourner l'immunité acquise lors d’une une infection antérieure par rapport aux variants précédents. Basée sur l'analyse de 35 670 réinfections identifiées chez près de 2,8 millions de personnes, cette étude n'a pas encore été reviewée scientifiquement et est disponible uniquement en pre-print.

Les scientifiques d'Afrique du Sud y signalent une augmentation soudaine et brutale, en novembre 2021, des cas d’infections à SARS-CoV-2 chez des personnes qui avaient déjà été infectées auparavant. Ils énoncent que le risque de réinfection constaté serait trois fois supérieur à celui observé lors des vagues précédentes, vagues liées aux variants Beta et Delta.

Les scientifiques ne précisent pas quel pourcentage de ces réinfections pouvaient être attribuées au variant Omicron, mais l'Institut national des maladies transmissibles d'Afrique du Sud a indiqué mercredi que lorsqu'il a effectué une analyse génétique sur un échantillon de tests positifs au coronavirus datant de novembre 2021, près des trois quarts correspondaient en fait au nouveau variant Omicron.

La France encore sous la coupe du variant Delta

En France, en cette fin d’automne, « le pic sanitaire pourrait arriver en janvier » (avec le variant Delta – NdE), prévient Olivier Véran sur France Info, en se basant sur les modélisations de l’Institut Pasteur. Le nombre de fermeture de classes a diminué de moitié en une semaine avec le nouveau protocole sanitaire, ce qui témoigne de l’efficacité du respect des mesures barrières et du dépistage systématique.

Le nombre de cas d'infections au variant Omicron détectés dans notre pays se monte désormais à neuf, selon le dernier bilan, actualisé vendredi matin par le ministère de la Santé, avec 6 régions métropolitaines concernées. 

Nous ne sommes pas au bout de nos efforts

A l’orée de cet hiver 2021-2022, l'Europe subit sa plus brutale vague pandémique au SARS-CoV-2 à ce jour, vague qui serait essentiellement liée au variant Delta, la forme la plus infectieuse du virus jusqu’ici. Le pourcentage de personnes gravement malades et de décès est cependant moins élevé qu'il y a un an, avant la mise en place des vaccins. Mais, mathématiquement, cette vague est suffisamment brutale et importante pour mettre une nouvelle fois à rude épreuve les hôpitaux. Ceci a contraint les pays les moins vaccinés à réimposer les mesures de distanciation et le port du masque, voire à envisager la vaccination obligatoire.

Le variant Omicron exprime des dizaines de mutations génétiques qui n'avaient jamais été observées ensemble auparavant dans un variant du SARS-CoV-2. À partir de modélisations mathématiques et physicochimiques, les scientifiques pensent qu’il serait beaucoup plus transmissible que les variants précédents, bien que des preuves cliniques soient encore incertaines. L'élément rassurant est que les hospitalisations en Afrique du sud concerneraient essentiellement les personnes non-vaccinées et que les médecins sud-africains font état d'infections modérées chez les vaccinés.

Des centaines de cas d'infections avec le variant Omicron ont déjà été découverts en Europe, et dans tous les pays qui le recherchent, et sa propagation rapide fait craindre qu’il ne prolonge malheureusement la vague actuelle. « Winter is coming »