Antibiotiques, mode d'accouchement, allaitement... Tous ces facteurs influencent la composition du microbiote des enfants jusqu'à leurs 3 ans. 

Près de 100 000 milliards de bactéries vivent dans notre tube digestif. Cette gigantesque colonie forme le microbiote, un organe à part entière et indispensable à l’homme. Lorsqu’un déséquilibre le menace, c’est tout l’organisme qui vacille. Diabète, obésité, allergies, maladie de Parkinson… De nombreuses pathologies seraient causées ou aggravées par des modifications de la flore intestinale. Aussi, connaître ce qui influence sa composition, ce qui lui est favorable ou au contraire ce qui peut lui être toxique est crucial, et ce dès les premières semaines de vie.

C’est pour cette raison qu’une équipe du Massachusetts General Hospital (Etats-Unis), en collaboration avec des chercheurs finlandais de l’université d’Helsinki ont étudié le microbiote de 39 enfants. De leur naissance jusqu’à leur 3^ème anniversaire, ils ont réalisé des prélèvements mensuels pour suivre au plus près la formation de la flore intestinale. Leurs conclusions sont présentées ce jeudi dans la revue Science Translational Medicine.

Entre 9 et 15 médicaments avalés

Chacun de ces échantillons de selles ont été analysés par séquençage génomique. Cette méthode a permis aux chercheurs d’identifier les différentes populations bactériennes qui composent le microbiote de chaque enfant. Au cours des 3 ans d’expérience, 20 enfants ont reçu des antibiotiques pour traiter des infections respiratoires ou des otites. Certains d’entre eux ont avalé entre 9 et 15 médicaments, précisent les auteurs.

Ces analyses révèlent que des souches bactériennes sont communes à tous les enfants. Les scientifiques ont également observé chez tous les bambins la présence et l’abondance de certaines bactéries à une période précise, avant de noter une réduction de ces populations. Ils ne peuvent toutefois pas encore expliquer ces variations.

Par ailleurs, ces résultats semblent contredire des études précédentes. Certains travaux suggèrent, en effet, que le microbiote des enfants allaités est différent de ceux nourris au lait maternisé, notamment avec une concentration différente de bactéries bénéfiques appelés Bifidobacterium. Or dans cette récente étude, tous les enfants ont été nourris au sein, et pourtant certains enfants possèdent une faible concentration de cette bactérie, ce qui semble indiquer que le lait maternel n’est pas le seul facteur à favoriser sa présence.

Apparition de la résistance aux antibiotiques

Les chercheurs remettent également en cause l’effet du mode de naissance. Accouchement par voie basse ou césarienne n’auraient pas le même effet sur la composition du microbiote, selon de nombreuses publications scientifiques. Pourtant, les analyses montrent des similitudes entre la flore intestinale de 4 enfants nés par césarienne et 7 enfants nés par voie basse. Ramnik Xavier, le responsable des travaux, souligne que tous ces enfants présentaient une faible diversité bactérienne, ce qui peut favoriser l’apparition de certaines maladies.

Ces travaux confirment toutefois que les antibiotiques conduisent à une faible diversité bactérienne. Le séquençage génomique révèle que le microbiote de ces enfants est moins stable que celui des autres, et dominé par une seule souche bactérienne. Plus inquiétant, les chercheurs ont mis en évidence l’apparition de la résistance aux antibiotiques, et la capacité des bactéries à se transmettre cette propriété, leur permettant ainsi de résister longtemps aux traitements.

« Nous aimerions maintenant explorer la formation du microbiote au cours de la première semaine de vie et comment celui-ci affecte la santé de l’enfant ainsi que les éléments qui le renforcent, indique Ramnik Xavier. Notre approche de séquençage haute-résolution nous permettra de mieux comprendre l’histoire naturelle de la flore intestinale et l’impact des perturbations causées par les antibiotiques et les facteurs environnementaux ».