CBNPC avec mutation insertion de l’exon 20 : la NGS fait mieux que la PCR

Chez les patients atteints d’un Cancer Bronchique Non à Petite Cellules, le dépistage de la mutation de l’EGFR ex20ins par séquençage haut débit est plus efficace que la PCR

La mutation insertion de l’exon 20 de l‘EGFR (EGFRex20ins) représente entre 5% et 10% des mutations du gène de l’EGFR dans le Cancer Bronchique Non à Petites Cellules (CBNPC). Ces patients sont connus pour être résistants au TKI anti EGFR de 1^ère, 2^ème et 3^ème génération.

Cependant les patients porteurs de l’EGFRex20ins sont sensibles aux nouvelles thérapies anti-EGFR comme l’amivantamab, un anticorps bispécifique anti-EGFR et anti-MET en cours de développement pour lequel un accès précoce existe en France depuis avril 2022 pour permettre à ces patients d’avoir accès à la molécule.

Les techniques de PCR et de NGS diffèrent

Cela reste un challenge de dépister les patients atteints de la mutation de l’EGFRex20ins étant donné la couverture imparfaite des tests par Polymerase Chain Reaction (PCR), technique largement répandue, accessible et sensible. En effet, les tests utilisés pour dépister les mutations de l’EGFR sont soit la PCR, soit le séquençage à haut débit (Next Generation Sequencing - NGS). Cependant le NGS a permis d’améliorer le taux de détection du variant ex20isn grâce à sa capacité à séquencer tout le gène de l’EGFR.

Si la PCR peut détecter des séquences connues du génome, le NGS est une méthodologie moléculaire qui permet le séquençage rapide de milliers à des millions de molécules d'ADN ou d’ARN simultanément, en déterminant l'ordre unique et spécifique des bases des acides nucléiques. Le NGS   est une approche sans hypothèse préétablies de mutation à rechercher, et cette technique détecte la mutation en comparant la séquence du patient à une séquence de référence. Tout variant même unique de l’EGFR pourra ainsi être détecté par cette technique.

La NGS, un saut technologique

L’objectif du travail proposé par les auteurs était de de comparer le dépistage par PCR et NGS pour la mutation EGFR ex20ins. Les auteurs ont réalisé une étude rétrospective chez des patients atteints d’un CBNPC qui avaient bénéficié d’un séquençage en NGS avec présence d’une mutation de l’EGFRex20ins. Ces patients provenaient des données des différents essais cliniques (NCT02716116 d’Allemagne, l’essai LC-SCRUM-Japan, l’essai GENIE et l’essai américain COTA).

Un total de 636 patients atteints d’un CBNPC connus pour être porteur de la mutation EGFRex20ins par NGS ont été inclus. 104 parmi eux étaient porteurs d’un variant unique de mutation EGFRex20ins. La proportion de patients qui auraient pu être dépistés par PCR pour être porteurs de la mutation de l’EGFRex20ins varie entre 11.8% et 58.9%. Les données présentées rapportent un dépistage plus efficace de la mutation de l’EGFRex20ins avec le NGS, >40% des patients ne seraient pas diagnostiqués avec la PCR seule

Ainsi ces résultats rapportent que la PCR aurait par manque de précision manquer le dépistage de la mutation de l’EGFR ex20ins dans > 40% des patients pourtant connu d’être porteurs d’un variant de cette mutation. Le séquençage NGS est donc préférable à la PCR pour ce type de mutation.