Covid-19 : variants, vaccins, comportements... soyons optimistes

Avec ou sans nouveaux variants, les meilleurs experts prédisaient un 3ème pic de la pandémie de Covid-19 en Europe et dans le monde au cœur de l'hiver. Nous y sommes et plus qu’un problème de variant, cela semble pour le moment surtout un problème de comportements.

Comme tous les virus, le SRAS-CoV-2 mute depuis son apparition en Chine. La logique de ce phénomène est qu’un virus lutte pour assurer sa survie : il cherche à se fixer de mieux en mieux sur un récepteur et à pénétrer de plus en plus vite dans la cellule cible, avant que le système immunitaire ne s’active, pour s’y répliquer en détournant les organelles de la cellule.

Le SRAS-CoV-2 est un virus appartenant à la famille des virus ARN et à ce titre, il mute plutôt plus lentement que la moyenne des virus.

Pourquoi ces mutations ?

En recopiant une information génétique sur un ARN, le mécanisme de copie est imparfait et produit quelques erreurs. Si ces erreurs touchent une région indispensable à la survie du virus, cette mutation disparait d’elle-même.

Si la mutation touche une zone d’ARN non essentielle, elle peut se maintenir et elle va favoriser le développement de l’infection si elle correspond à un avantage sélectif : c’est du darwinisme pur.

D’autres mutations dans l’actualité

L’épidémie du printemps 2020 en Europe avait déjà été attribuée à une souche mutée plus contagieuse que la souche originelle chinoise. Elle a pu expliquer les pics de contaminations et surtout d’hospitalisations inattendus à cette époque en Italie au regard des chiffre chinois… à moins que ces derniers aient été faux.

Puis est venue la mutation D614G sur la protéine Spike, favorisant l’attachement de cette dernière sur la membrane cellulaire respiratoire. Elle n’a pas été associée à une gravité plus importante de l'infection, mais à une contagiosité également possiblement plus forte.

Quel impact des nouvelles mutations ?

Depuis quelques semaines, certains scientifiques, et surtout la presse, s’inquiètent de diverses mutations : il y a l’anglaise (remarquable car multiple avec délétion 69-70, délétion 144 …) et la japonaise, plus contagieuses, mais aussi la sud-africaine et maintenant la brésilienne, ces dernières étant soupçonnées d’induire des résistances aux vaccins… mais les avis restent partagés.

Théoriquement, tous les scénarios sont possibles lors d’une mutation. Mais en pratique, il est très rare que la mutation d’un virus lui permette d’acquérir de nouvelles propriétés. Le seul exemple que l’on a recensé dans l’histoire de la médecine moderne, c’est avec le Chikungunya. Ce virus tropical a muté dans les années 2000 pour pouvoir se déplacer grâce à de nouveaux moustiques, ce qui a probablement favorisé sa diffusion récente.

Y a-t-il un risque de résistance au vaccin ?

C’est assez peu probable si la mutation touche la protéine Spike car cela perturberait la capacité du SARS-CoV-2 à se fixer sur les cellules et à les infecter. De plus, malgré les mutations déjà survenues et plus d’une centaine de millions de personnes infectées dans le monde, les réinfections validées à SARS-CoV-2 restent rares ou peu fréquentes à ce jour. Elles se produiraient surtout en cas de taux faibles d’anticorps, par exemple après un premier épisode infectieux léger ou asymptomatique ou chez une personne immunodéprimée.

Une étude publiée dans le New England Journal of Medicine a confirmé qu’une infection par le SARS-CoV-2 procurait une certaine immunité contre une réinfection chez la plupart des personnes précédemment infectées et, si cette réinfection survient, elle serait modérée ou asymptomatique. Il y a peu de chance que cela soit différent pour les anticorps apparaissant suite à une vaccination.

Winter is coming !

Même si des mutations rendent donc progressivement le SARS-CoV-2 plus contagieux, les vaccins restent efficaces et il est probable que ce sont nos comportements qui sont en cause dans la période éctuelle, qui survient 2 à 4 semaines après les fêtes, c’est-à-dire au moment où on attendait un surcroit d’hospitalisations post-réunions de famille.

Par ailleurs, la météo semble bien influer sur la circulation du SARS-CoV-2 : quand le taux d'humidité est supérieur à 70% et que les températures sont basses, entre 3°C et 15 à 17°C, le virus circulerait beaucoup plus facilement. Les postillons chargés de virus sont, en effet, soumis aux conditions hygrométriques quand ils sont à l'extérieur du corps humain : s’il fait trop froid, ces postillons ne peuvent pas rester en suspension et, s’il fait trop chaud et sec, ils s'évaporent.

Au-delà, les épidémies de grippe nous ont appris que le temps passé à plusieurs dans les lieux clos, comportement plus fréquent en hiver, et la moindre aération de ces locaux, augmente également le risque de transmission.

La vaccination va-t-elle nous sortir de cette épidémie ?

En Israël, au 16 janvier, 4 500 personnes ont été diagnostiquées positives après la première dose de vaccin, dont 375 ont été hospitalisées en raison de la maladie. Mais parmi les personnes hospitalisées, 244 l'ont été dans la première semaine suivant leur vaccination (elles avaient été contaminées avant), 124 au cours de la deuxième semaine (efficacité confirmée voisine de 50% donc, sept jours après la première dose), et 7 plus de 15 jours après avoir reçu le vaccin. Ainsi le vaccin marche en vie réelle, mais avec près de 30% de la population déjà vaccinée, l’impact reste encore modeste en Israël. Donc cela prend du temps (au moins 15 jours de plus = le délai d’incubation + le délai d’hospitalisation).

En France, nous sommes à 1,3% de la population vaccinée et pour éviter la plupart des hospitalisations liées à la Covid-19, il faudrait vacciner en théorie, toutes les personnes à risque, soit 12,5 millions de personnes qui ont plus de 65 ans et les malades obèses et comorbides de moins de 65 ans… A la vitesse de vaccination actuelle en France, il faudra quelques mois mais, avec un vaccin AstraZeneca, qui se conserve dans un simple réfrégirateur, et un printemps précoce ou un redoux, cela va s’améliorer plus vite. Aux USA, les nouvelles contaminations ont baissé de 21% au cours des 2 dernières semaines avec 15 millions de personnes vaccinées et un taux de vaccination qui est au maximum de 5% dans les états les plus avancés. On a des raisons d'espérer.