Des bactéries de la flore intestinale produisent une protéine qui accroît l’inflammation chez les malades de Crohn. L'inhiber pourrait être une nouvelle voie thérapeutique.

Une bactérie serait-elle en passe de devenir la nouvelle voie thérapeutique contre la maladie de Crohn, une maladie inflammatoire chronique de la paroi de l’intestin.
Une équipe de chercheurs français de l'Inserm (1) vient en effet de montrer qu’une souche particulière d’Escherichia coli (E.coli) produit une protéine capable de dégrader le mucus intestinal pour le traverser plus facilement. Ces bactéries parviennent ainsi à infecter les cellules du côlon ou de l’iléon (dernier segment de l’intestin grêle), générant une forte inflammation intestinale.

La découverte du génome de l'enzyme

Dans leurs travaux, les scientifiques ont voulu justement savoir comment cette souche bactérienne parvenait à cette prouesse. Pour cela, ils sont partis de leurs connaissances sur les pathogènes intestinaux qui traversent également le mucus : Shigella, bactérie responsable de la shigellose, ou encore Vibrio cholerae, l’agent du choléra. 
Ces bactéries secrètent des enzymes appelées « mucinases », qui dégradent des molécules constituant le mucus (les mucines). 
Les chercheurs ont voulu savoir si les souches d’E. coli nommées « AIEC » (Adherent-invasive Escherichia coli) produisaient elle-aussi une telle enzyme.

Présentes chez 40 % des personnes atteintes de la maladie de Crohn, ils en ont étudié le génome, en quête d’analogies de séquences évoquant la présence d’un gène codant pour une mucinase. Une stratégie qui s’est révélée payante puisque un gène répondant aux critères recherchés a été identifié et sa fonction testée.
Résultat, « lorsque le gène en question est expérimentalement supprimé du génome des bactéries, ces dernières perdent leur capacité à dégrader le mucus intestinal », est-il écrit dans la dernière édition de Cellular Microbiology où sont publiés les travaux. D’autres expériences ont permis de confirmer le rôle de ce gène, baptisé désormais « Vat-AIEC ».

Des inhibiteurs de mucinases en cours de développement

« L’enzyme Vat-AIEC contribue à la virulence de souches d’E. coli pathogènes, et pas seulement à celle des AIEC, puisque nous avons retrouvé ce gène chez la moitié des E. coli responsables d’infections urinaires », précise Julien Delmas, coauteur des travaux, dans un communiqué de presse de l'Inserm.

A présent, le chercheur aimerait s’attaquer frontalement à cette enzyme, pour tenter de bloquer son action et ainsi de réduire l’inflammation induite par les bactéries qui la produisent. « Il est tout à fait envisageable d’inhiber cette mucinase, car elle est facilement accessible dans le milieu extracellulaire et n’est pas indispensable à la survie des bactéries. La bloquer ne modifiera pas l’équilibre de l’écosystème intestinal et n’entrainera pas d’apparition de résistance comme avec les antibiotiques », poursuit Julien Delmas.

« Maintenant, l’idée est donc de développer une famille d’inhibiteurs de mucinases. Il faut pour cela cribler des banques de molécules, par bio-informatique, à la recherche de candidats spécifiques. Ce projet est en cours », conclut-il.

(1) Unité 1071 Inserm/Inra/Université d’Auvergne, Clermont-Ferrand