Les humains infectés par le SARS-CoV-2 peuvent contaminer leur animal domestique. Mais ce "saut d'espèce" peut-il entraîner des mutations et l'apparition de nouveaux variants ? L'analyse du génome du virus sur un chat contaminé apporte une première réponse.

Si le SARS-CoV-2, virus responsable de la pandémie de Covid-19 peut franchir la barrière des espèces, son passage de l'homme à l'animal ne semble pas générer des mutations suffisamment importantes pour que de nouveaux variants apparaissent et re-contaminent les humains. C'est la conclusion d'une étude menée aux Etats-Unis à partir d'un chat contaminé par son maître lui-même infecté par le variant Delta du coronavirus. Ce que les chercheurs de l'université de Pennsylvanie ont démontré, c'est que le séquençage du génome entier du virus de l'animal a révélé que celui-ci était quasiment identique au génome du virus circulant chez l'homme dans la même région et à la même époque. Cette étude a été publiée dans la revue Viruses.

Des mutations liées au "saut d'espèce" ?

L'intérêt de ces travaux repose sur le constat fait dés le début de la pandémie que le SARS-CoV-2, après avoir commencé à infecter les humains, a pu être transmis à un nombre assez large d'espèces animales. Ce qui posait la question de savoir si ces "sauts d'espèce" pouvaient conduire à des mutations du virus voire à l'apparition de variants plus dangereux.

Pour découvrir la réponse, les chercheurs ont identifié dans la région de Philadelphie un chat domestique -une femelle de 11 ans- infecté à la suite de l'exposition de son maître par le variant Delta. C'était la première fois qu'ils se trouvaient face à un animal porteur de ce variant Delta. L'animal avait été diagnostiqué comme étant atteint de la Covid-19 à partir de symptômes gastro-intestinaux.

Aucune différence avec le virus en circulation

En collaboration avec un laboratoire de microbiologie, l'équipe a obtenu une séquence complète du génome du virus du petit félin. Ceci a révélé que l'animal était infecté par le variant Delta... mais impossible de comparer avec le génome du virus qui avait infecté son maître puisque les chercheurs n'en possédaient pas d'échantillon. En revanche, en comparant le virus du chat avec le variant du SARS-CoV-2 circulant à cette époque dans la région, ils ont constaté qu'ils ne trouvaient quasiment aucune différence.

Mais si les scientifiques de l'université de Pennsylvanie ont abouti dans ce cas précis à la conclusion que le passage du virus de l'homme à l'animal n'entraînait pas de mutations, ils souhaitent poursuivre leurs expériences avec d'autres espèces. "Nous savons que le SARS-CoV-2 subit des changements pour devenir de plus en plus transmissible au fil du temps comme nous l'avons vu avec le variant Omicron. Mais il reste à savoir si, lorsque d'autres espèces animales sont contaminées , le virus commence à s'adapter à ces espèces et si cette adaptation maintient sa capacité à infecter les humains", souligne Elizabeth Lennon, professeur à l'école vétérinaire de Pennsylvanie.