La grippe aviaire H5N1 a été détectée dans des troupeaux de bovins laitiers et chez des humains aux États-Unis en 2024. La surveillance future pourrait reposer sur la surveillance des eaux usées.

Depuis leur émergence, les virus de l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) des sous-types H5 et H7, particulièrement virulents, provoquent des maladies systémiques chez les espèces aviaires et engendrent des pertes économiques considérables dans l’industrie agricole en raison de l’abattage massif d’animaux infectés. Un article du New England Journal of Medicine fait le point sur la progression de cette zoonose.

Depuis 1955, trois lignées principales de ces virus ont été identifiées, dont l’une, la lignée 2.3.4.4b, est devenue récemment très répandue. En mars 2024, la souche H5N1 2.3.4.4b a été détectée simultanément dans des troupeaux de bovins laitiers au Texas, au Michigan et au Kansas. Peu après, le premier cas humain de l’année, lié à une exposition à des bovins symptomatiques, a été identifié au Texas.

En date du 28 juillet 2024, 14 infections humaines (4 associées aux bovins et 10 à la volaille) avaient été recensées dans trois États, ainsi que 171 troupeaux de bovins infectés dans 13 États et 94 troupeaux de volailles dans 26 États. Ces données soulignent l’importance d’une surveillance élargie pour comprendre l’étendue de la propagation du virus H5N1.

Données de surveillance par les eaux usées

La surveillance environnementale par analyse des eaux usées est devenue une méthode cruciale pour le suivi de la propagation du virus H5N1. Depuis mai 2022, l’Institut de Santé Publique Épidémique du Texas utilise le séquençage par capture hybride pour tester des échantillons hebdomadaires dans les zones urbaines de l’État. Entre le 4 mars et le 15 juillet 2024, le virus H5N1 a été détecté dans 10 villes, sur 22 des 23 sites surveillés, et dans 100 des 399 échantillons analysés.

Cependant, l’abondance des séquences H5N1 dans les eaux usées ne correspondait pas aux hospitalisations liées à la grippe, qui ont diminué au Texas au printemps 2024. Ces observations suggèrent que l’absence de lien entre la présence du virus dans les eaux usées et la morbidité clinique pourrait indiquer une origine multiple, probablement animale, du signal viral dans les eaux usées.

Une surveillance des villes du Texas

Les données issues de la surveillance des eaux usées reposent sur une méthodologie rigoureuse : les séquences virales ont été identifiées par cartographie compétitive à une base de données du génome de l’influenza, puis validées manuellement par trois chercheurs en génomique indépendants. Les séquences identifiées couvrent plus de 85 % du génome du H5N1, y compris les gènes PB2, HA (hémagglutinine) et NA (neuraminidase).

Ces résultats sont conformes aux séquences d’influenza H5N1 des oiseaux et mammifères collectées depuis 2023 et sont assignés au clade 2.3.4.4b. La présence d’un acide glutamique en position 627 du gène PB2 suggère que ce virus n’a pas encore subi une adaptation humaine significative. Cette approche méthodologique renforce la représentativité des données et leur utilité pour la surveillance épidémiologique.

Synthèse et perspectives de recherche

La détection étendue du virus H5N1 dans les eaux usées de plusieurs villes américaines est préoccupante. Bien que l’origine exacte de ces signaux ne soit pas encore déterminée, les informations génomiques et l’absence de charge clinique importante suggèrent une origine animale multiple. L’utilisation des eaux usées comme outil de surveillance pourrait améliorer la détection des adaptations évolutives préoccupantes.

Pour prévenir une éventuelle pandémie de grippe, il est recommandé d’élargir le séquençage des eaux usées, du bétail, des travailleurs agricoles exposés, ainsi que des oiseaux migrateurs le long des principales voies de migration. Ces efforts pourraient offrir des moyens supplémentaires pour identifier les sources de propagation et mettre en œuvre des mesures de contrôle plus efficaces.