Si l'hiver 2022-2023 a été marqué par la « triplépidémie » (VRS, grippe, Covid-19), un autre virus respiratoire serait passé sous les radars des médecins tout en contaminant nombre de malades et en en envoyant certains à l’hôpital, jusqu’au printemps 2023.

Selon les US Centers for Disease Control and Prevention’s respiratory virus surveillance system, les cas de métapneumovirus humain, ou HMPV, ont été nombreux cet hiver et ont connu un pic au printemps 2013. Les unités de soins intensifs des hôpitaux se sont remplies de jeunes enfants et de personnes âgées, les personnes les plus vulnérables à ces infections. À son pic, à la mi-mars 2023, près de 11% des échantillons testés aux USA ont été positifs pour le HMPV, soit environ 36% de plus que le pic saisonnier moyen d'avant la pandémie, qui est de 7%.

Toutefois, la plupart des personnes infectées n’ont probablement jamais su qu'elles l'étaient. Les tests de dépistage du HMPV étant rarement effectués en dehors des hôpitaux, il est difficile de connaître la véritable ampleur de chaque épidémie. Une étude publiée en 2020 dans The Lancet Global Health estime que, chez les enfants de moins de 5 ans, il y aurait eu plus de 14 millions d'infections par le HMPV en 2018, plus de 600 000 hospitalisations et plus de 16 000 décès.

Les progrès du diagnostic font émerger la maladie

Ce sont les nouvelles techniques de diagnostic des infections respiratoires virales, les « PCR déportées » qui permettent désormais de diagnostiquer aux urgences ou en hospitalisation la responsabilité d’un virus dans un cas d’infections respiratoire grave… à condition de les rechercher. Il faut en effet savoir quel virus rechercher avant la PCR car il faut mettre la bonne amorce correspondant au bon virus pour que la PCR diagnostique ce virus. Or le nombre d’amorces à utiliser est limité (3 à 4) selon les machines et les médecins font le plus souvent des choix basés sur une clinique souvent peu spécifique.

Des études montrent cependant que le HMPV causerait chaque année aux États-Unis autant d’infections respiratoires compliquées que la grippe et le VRS. Parmi les recherches menées récemment, une étude portant sur des échantillons de patients collectés sur une période de 25 ans révèle que le virus serait la deuxième cause la plus fréquente d'infections respiratoires chez les enfants, après le VRS. Une étude menée à New York pendant quatre hivers a aussi montré que le HMPV serait aussi fréquent chez les personnes âgées hospitalisées que le VRS et la grippe. Comme ces infections, le HMPV peut également conduire en soins intensifs et à des décès par pneumonie chez les personnes âgées.

Un virus découvert assez récemment

Le métapneumovirus humain (HMPV) a été découvert par des chercheurs néerlandais en 2001, sur 28 échantillons provenant d'enfants des Pays-Bas qui avaient souffert d'infections respiratoires inexpliquées. Certains de ces enfants étaient très malades et avaient eu besoin d'une ventilation assistés, mais ils n'avaient pas été testés positifs à des agents pathogènes connus à l’époque.

Les chercheurs ont cultivé ces échantillons sur différents types de cultures cellulaires, puis ils les ont examinés au microscope électronique et ont vu un virus qui ressemblait structurellement à la famille des paramyxoviridae, un groupe de virus connus pour provoquer des maladies respiratoires comme la rougeole, les oreillons et le virus respiratoire syncytial (VRS). Un examen plus approfondi des gènes du virus a révélé l'existence d'un proche parent : le « métapneumovirus aviaire », qui infecte les oiseaux. Le nouveau virus a alors été baptisé « métapneumovirus humain » ou HMPV.

Les scientifiques pensent qu'il est probablement passé des oiseaux à l'homme à un moment donné et qu'il a évolué à partir de là. Lorsque les chercheurs ont analysé les échantillons de sang de 72 patients conservés depuis 1958, tous présentaient des signes d'exposition au métapneumovirus humain, ce qui semble indiquer qu'il circulait déjà chez l'homme, sans avoir été détecté, depuis au moins un demi-siècle.

Un virus responsable d’infections respiratoires basses

Bien que le HMPV ait été principalement connu comme agent causal d'infections des voies respiratoires chez les enfants, il est également une cause importante d'infections respiratoires basses chez les adultes. Presque tous les enfants sont infectés par le HMPV avant l'âge de cinq ans mais les infections qui se répètent tout au long de la vie indiquent une immunité qui serait seulement transitoire.

Les infections à HMPV sont généralement bénignes et spontanément résolutives : fièvre, écoulement nasal, angine avec éventuellement infection respiratoire basse et toux rauque. Mais chez les personnes âgées fragiles et les patients immunodéprimés, l'évolution clinique peut être compliquée et conduire en réanimation ou au décès. Il n’y a pas d’antiviral spécifique ni de vaccin. Sans traitement disponible actuellement, il n’est le plus souvent pas recherché en routine ce qui en complique le diagnostic. Mais les recommandations sont de le chercher en hiver et au printemps, ce qui permets d’éliminer une autre infection s’il est positif. Avec la moindre prééminence de la Covid-19, il va désormais falloir s’intéresser aux autres virus respiratoires, parfois tout aussi dangereux.