Afin de lutter contre les « super-bactéries », une équipe de chercheurs a mis au point un algorithme qui prédit leurs mutations.

Les « super-bactéries » posent chaque année de plus en plus de problèmes. Ces bactéries résistantes aux antibiotiques – comme le staphylocoque doré par-exemple – compliquent sensiblement la lutte contre les infections, mêmes les plus communes comme la pneumonie ou les infections urinaires. En effet, ces bactéries ont tendance à muter et à devenir résistantes aux médicaments auparavant efficaces contre elles. Aux Etats-Unis, le staphylocoque doré tue chaque année près de 20 000 personnes. C'est plus que le VIH. 

Afin d’avoir un pas d’avance sur les super-bactéries, une équipe de chercheurs a décidé d'utiliser la puissance de calcul de l'informatique. Cette équipe a ainsi créé un algorithme informatique afin de prédire les contre-attaques des super-bactéries qui évoluent en permancence.

Prédire les mutations les plus probables

Ce programme, appelé OSPREY, prédit les mutations les plus probables qu’une bactérie pourrait développer lorsqu’elle est confrontée à un nouveau type de médicament, comme nous l'explique une étude parue dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences. Les chercheurs ont testé OSPREY sur la bactérie multirésistante du staphylocoque doré : le SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méticilline).

Les chercheurs ont ainsi programmé leur logiciel de telle manière qu’il prédise les mutations génétiques que la bactérie subirait afin de devenir résitante à une nouvelle classe de médicaments encore en expérimentation : les « antifolates propargyl-liés », présentés comme prometteurs contre les infections à SARM. Quand les chercheurs ont exposé le staphylocoque doré à ces nouveaux médicaments, ils ont bien observé les changements génétiques que le logiciel avait prévu.

Avoir une longueur d'avance sur les super-bactéries

« Cela nous permet de voir par avance comment une bactérie va résister aux médicaments que l’on développe, avant que ceux-ci soient déployés », explique Bruce Donald, professeur de science informatique et de biochimie à l’University Duke, et l’auteur de l’étude.

L’équipe espère que cette approche va donner aux chercheurs une longueur d’avance dans la course contre les super bactéries. L'objectif de ces recherches est d'augmenter la durée de vie des médicaments en développement. Le logiciel a été créé de façon open-source, c'est-à-dire qu'il est accessible gratuitement (pour les chercheurs).

La ministre de la Santé, Marisol Touraine avait annoncé, lundi 17 novembre, la création d’un groupe de travail pour la préservation des antibiotiques, qui devra formuler, d’ici à juin 2015, des propositions pour réduire l’incidence des infections à bactéries multirésistantes et favoriser le développement de nouvelles molécules anti-infectieuses.